肩こりの原因の中で、一番多くみられるのは全身を使わないことから起こる筋肉の疲労によるものです。
デスクワークによる長時間の同じ姿勢、これに伴う不良姿勢、長距離運転など、全身を使わず同じ筋肉のみ使いつづける結果、筋肉が疲労をおこし硬くなり、局所に循環障害を起こします。それによって酸素や栄養分が末端まで届かず、疲労物質が蓄積しこれが刺激となって肩こりを起こすと考えられています。もちろんストレスも大きな要因です。

これに対し四十肩・五十肩は、正式には「肩関節周囲炎」と呼ばれ、肩関節の周囲に起こる炎症のことを指します。
肩関節はとても広い範囲を動かせるようになっていますので、それだけ構造は複雑で、周囲には多くの筋肉や腱、関節をスムーズに動かすための滑液包などがありますが、そのため炎症も起こりやすい部分といえます。
また、老化も原因のひとつです。

この場合は神経ブロック、肩の関節内への薬剤注入、理学療法（低周波治療・レーザー治療など）をすることで痛みが少なくなります。